Con tal motivo la Masonería entró en una era de tranquilidad que favoreció su libre desenvolvimiento. El Soberano Gran Comendador Agustín Argüelles, que también desempeñaba la Gran Maestría del Gran Oriente de España, abdicó del cargo y fue sustituido por el I.·.P.·.H.·. Antonio Pérez de Tudela.

Tras la invasión de España por los ejércitos franceses en virtud de los acuerdos de la Santa Alianza, sobrevino una nueva reacción absolutista en 1823, teniendo que refugiarse el Soberano Gran Comendador y algunos otros miembros del Supremo Consejo en Inglaterra, donde hallaron la generosa hospitalidad de la Masonería inglesa. La represión de Fernando VII alcanzó terribles carácteres pues la Real Célula dictada en Sacedón en 1824 consideraba como delito de lesa majestad ser masón. La real orden de 9 de octubre de 1824 condenó a pena de muerte a todo el que fuese reconocido como masón o comunero. Entre las víctimas de la cruel represión que se contaron por millares perecieron los generales Juan Martín el Empecinado, Torrijos, y Lacy.

A finales de 1829 cesaron algo las persecuciones y el Soberano Gran Comendador, el infante D. Francisco de Paula de Borbón, reagrupó sus logias de perfección y capítulos. En 1833, tras la muerte de Fernando VII, la reina doña María Cristina empezó a actuar como reina gobernadora, pudiendo regresar a España muchos de los miembros del Supremo Consejo.

Por fin en 1843, después de tantas persecuciones pudo reorganizarse la Masonería española llegando a existir mas de 300 logias. En 1846 el infante don Francisco tuvo que expatriarse para librarse de las persecuciones de que lo hacían objeto el general Narváez y la reacción clerical. A partir de 1856 fue de nuevo perseguida la Masonería española que se vio obligada a actuar clandestinamente. Ni el Supremo Consejo, ni el Gran Oriente podían desarrollar sus trabajos y las islas Filipinas se llenaron de masones desterrados por Narváez.

La revolución de 1868 que destronó a la reina Isabel II, permitió a la Masonería Española y al Supremo Consejo, presidido por el M.·.P.·.H.·. Carlos Celestino Mañan y Clark, reanudar sus actividades. En los cuerpos filosóficos figuraban HH.·. tan prominentes como los generales: Serrano, Prim, Duque de la Torre, Conde de Reus; y los políticos Manuel Becerra, Praxedes Mateo Sagasta, Nicolás María Rivero y Juan Moreno que fueron varias veces diputados y aun ministros.

En el mes de octubre de 1868 (E.·.v.·.), ese Supremo Consejo presentó al Gobierno provisional un programa legislativo de inspiración masónica, formado por catorce proposiciones, que entre otras reformas incluía las siguientes: libertad de cultos, supresión de las ordenes religiosas, secularización de los cementerios, sujeción del clero al servicio militar, matrimonio civil, etc. El programa mereció ser atendido por el Gobierno.

Poco antes de la monarquía saboyana y aprovechando la ausencia temporal del Soberano Gran Comendador Mañan, varios miembros del Supremo Consejo eligieron como Soberano Gran Comendador al H.·. Manuel Ruiz Zorrilla. La escisión producida dentro del Supremo Consejo como consecuencia de estos hechos, originó gran confusión en la masonería española. Para remediarla se apeló al alto espíritu masónico de los HH.·. Mañan y Zorrilla quienes respondieron en términos fraternales al requerimiento. El H.·. Ruiz Zorrilla en septiembre de 1873 renuncio a todos sus cargos masónicos.

Le sucedió el H.·. Carvajal quien cedió inmediatamente el cargo al H.·.Mañan, que había renunciado a sus cargos al mismo tiempo que Ruiz Zorilla tratando de buscar la conciliación masónica. Se celebraron elecciones el 18 de septiembre de 1873 resultando elegido como Soberano Gran Comendador el H.·. José de Carvajal, distinguido abogado y ministro de la República Española.

Se procedió entonces a una completa reorganización de los cuerpos filosóficos y simbólicos, dándose, en 1869, las primeras manifestaciones públicas de la Familia masónica española con ocasión del entierro del H.·. brigadier Escalante y más tarde con motivo de los del infante don Enrique y del general Prim.

Al restaurarse la monarquía borbónica en la persona de Alfonso XII, cundió de nuevo la desunión en la familia masónica española, existiendo, además del Supremo Consejo regular, dos Supremos Consejos irregulares. Tan confusa situación dio lugar a que ninguna representación española pudiese asistir a la reunión internacional de Supremos Consejos celebrada en Lausana en 1876.

En 1881, Antonio Romero Ortiz quedó como único Soberano Gran Comendador legitimo y regular, siendo reconocido en tal carácter en 1882 por el M.·.P.·.H.·. Albert Pike Soberano Gran Comendador de la Jurisdicción Sur de los Estados Unidos y sucesivamente por los Supremos Consejos de Escocia, Irlanda , Grecia, etc.

El 20 de enero de 1884 (e.·.v.·.) murió el M.·.P.·.H.·. Antonio Romero Ortiz. Entonces, por primera y única vez en la historia del Supremo Consejo, para proveer el cargo de Soberano Gran Comendador que, en aquella época, llevaba aneja la Gran Maestría del Gran Oriente simbólico, se convocó a elección directa por el pueblo masónico. La elección tuvo lugar el 15 de agosto de 1884 y su resultado, que es curioso consignar, fue el siguiente: Manuel Becerra, 2.237 votos; Emilio Castelar, 605; Manuel Ruiz Zorilla, 478; Manuel del Llano Persi, 296; José María Beranger, 118; Juan Téllez Vicent, 23; Praxedes Mateo Sagasta, 12; Victor Balaguer, 5; Sergio Martín del Bosch, 4; José de Carvajal, 2; Juan Utor Fernández, y; Sebastian Salvador, Francisco Pí y Margall, Buenaventura Roignet y José María Panzano un voto cada uno.

Al dimitir, en 1889 (E.·.v.·.), el Soberano Gran Comendador Manuel Becerra a favor del Teniente Gran Comendador Ignacio Rosas, se produjo una nueva era de confusión al quererse arrebatar su autonomía al Simbolismo. El 8 de febrero de 1889 se acordó refundir las dos obediencias simbólicas Gran Oriente de España y Gran Oriente Nacional. Así nació el Gran Oriente Español bajo la dirección del H.·. Miguel Morayta Sagrario que fue nombrado también Soberano Gran Comendador del Supremo Consejo en sustitución del H.·. Manuel Becerra.

El 14 de abril de 1931 fue derrocada la monarquía y establecida la II República. La implantación de un régimen liberal y tolerante permitió a la masonería española trabajar con mayor seguridad y eficacia. Eran miembros activos del Supremo Consejo, en dicha época, los II.·.PP.·.HH.·. Augusto Barcia, Diego Martínez Barrio, Angel Rizo, Demófilo de Buen, Fermín Zayas, José Boch, Evelio Torent, José Estruch, Manuel Nieto, Antonio Montaner, Manuel Portela Valladares, Francisco Soto Mas, Juan Manuel Iniesta, Isidro Sánchez Martínez, Miguel de Benavides, Pedro Las Heras y Julio Hernández e.a.

El 18 de julio de 1936 (E.·.v.·.) se produjo la sublevación de varios generales que se alzaron en armas contra el régimen democrático de la II República. En la zona de España dominada por los sublevados se practicó una sistemática matanza no sólo de masones sino de muchos infelices, liberales moderados que parecieron sospechosos de pertenecer o haber pertenecido a la Masonería.
La masonería española que nunca había intervenido en los azares de la vida política, no podía permanecer neutral ante una sublevación militar que atentaba contra sus propios ideales liberales y democráticos y que le hacían objeto de persecución tan injusta. En la lucha por la libertad que se desarrolló en España desde 1936 a 1939 (e.·.v.·.), la masonería española desempeñó un importante papel en defensa de la patria y del derecho.

Durante el transcurso de la guerra civil española y posteriormente se acentuó, por parte de los militares rebeldes, contra la Masonería, llegando a darle forma legislativa una vez que su comandante en jefe, Franco (al que, unos años antes, no le habín permitido entrar en una Logia masónica de Larache), se habí establecido en el poder. Así se dictó el 1 de marzo de 1940 la llamada Ley de represión de la masonería y del comunismo, en la que se equiparan arbitrariamente, a efectos represivos, dos ideologías que no tienen entre sí ninguna relación de afinidad filosófica u orgánica.

La guerra civil española y la feroz persecución a los Hermanos Masones Españoles por parte de la dictadura del General Franco, obligó a muchos de ellos a abandonar España rompiéndose su corazón y su vida.

El Supremo Consejo de México, al conceder Asilo Fraternal al de España, estableció, junto con el de Inglaterra en el siglo XIX, un precedente de jurisprudencia masónica inspirado en el más elevado sentido de la Fraternidad.

EPILOGO

Recién entrado en el nuevo milenio, sin embargo, se notan tensiones entre la G.·.L.·.E.·. y el 'Supremo Consejo de España', en torno a unas cuestiones de imagen y la multiritualidad de la masonería española, por la que repetidamente se negaron a resolver sus diferencias las dos instituciones; culminando en 2.007 de la E.·. v.·., en la rotura de relaciones entre la Gran Logia de España y la Com.·. Rectora del Supremo Consejo, siendo por el entonces el Sob.·. Gr.·. Comendador Ramón Torres Izquierdo y el G.·. M.·. de la G.·.L.·.E.·. Josep Carretero Domenech. 
El Decreto Nº 917 de la Gr.·. Maestría de la G.·.L.·.E.·. de abril de 2.007 (E.·.v.·.) produce una situación de irregularidad para muchos de los SS.·.GG·.II.·.GG.·. como quedasen en aislamiento, sumiendo al pueblo masónico escocista en un grave desconcierto.

Después de que los intentos de varios SS.·.GG.·.II.·.GG.·. para convocar una Asamblea General topasen con una cierta incomprensión por parte de la Com.·. Rectora que elegió destituirlos (lamentablemente repercutando sobre la orientación capacitada de los Cuerpos Jurisdiccionados), había una inminente irregularidad por considerar, de tal forma que resolvieron nueve de entre los pares, regulares todos ellos, de constituir la estructura directiva de un 'S.·.C.·. Regular', pidiendo al pasado Soberano Gran Comendador, Arístides Martínez, 33, de retomar el Cetro de jefe del Escocismo en el territorio español, así consacrando una emanación Regular del 'Supremo Consejo de España'. 
En el inicio de 2009 (E.·.v.·.) se procede a registrar una nueva entidad ante la Ley profana, acogiendo al Supremo Consejo Regular, sin que masonicamente dejaría éste de ser una continuación legítima del 'S.·.C·. de España'. Por desear defender los ritos Filosóficos según la tradición que emana del acto fundacional de 1.811 (*), y, habiendo trabajado siempre en la regularidad, ha logrado el nuevo S.·.C.·. Regular establecer relaciones fraternales con la G.·.L.·.E.·., la Gran Logia regular para el territorio español, cuyo G.·.M.·. lo anunció como hecho oficial en su Decreto Nº 1.039 de abril de 2009. 
Siendo esa Gran Logia la que se había ya empeñado en continuar la coordinación, entre otros, de los tres primeros Grados del R.·.E.·.A.·.A.·. (-NB- siguiente del Convenio de Roma de 2.007, se pueden considerar 33 y ya no 30 los Grados que lo componen), los grados llamados 'azules' de la masonería simbólica, resultó lógico y justo de coordinar nuestro trabajo ritualístico junto a la G.·.L.·.E.·. 

(*) Acudiendo a la necesidad de continuar en la Regularidad mientras no despreciando la historia del Escocismo en España, nuestro S.·.C.·. se perfila hoy -masónica si no profanamente- como una emanación legítima y Regular del 'Supremo Consejo de España', así evitando que la rotura de relaciones por parte de la G.·.L.·E.· de 2007 pudiera romper con una gran tradición masónica o dejar sin recursos a los Cuerpos de los Ritos que se unan en la misma.

Anticipando de celebrar dignamente el Bicentenario de la existencia del S.·.C.·. de España, en 2.011 (E.·.v.·.), desde el punto de mira positivo que nos inspiran la Fraternidad y la tolerancia que institucionalmente más nos caracterizan, desde el 'Supremo Consejo Regular de España' nos proponemos mirar hacía el futuro con grandes esperanzas. Con la ayuda del G.·.A.·.D.·.U.·., quede el Rito Escocés A.·. y A.· del territorio español a salvo para la posteridad..."